植物共生真菌产生多种次生代谢物，被认为是近年最具有潜在药用价值的生物分子的来源。

次生代谢产物主要分为四类，包括聚酮化合物、非核糖体肽、生物碱和萜烯。

植物内生真菌可能会产生许多具有不同结构特征的新的生物活性代谢物，

其中一些代谢物已被证明具有重要药学和生态学意义。